上篇中，夜神月（藤原龙也饰）设计除掉了女友和跟踪自己的FBI的探员，趁机混进了调查本部，但是，L（松山健一饰）对他的怀疑并没有结束，新一轮的智力游戏继续进行。与死神硫克个性迥异的死神雷姆把另外一本“死亡笔记”扔到人间，得到它的是极度崇拜“基拉”的少女弥海砂（户田惠梨香饰），她还以一半性命为代价得到了夜神月所没有的死神之眼。并主动和夜神月联系，答应协助他除掉L，条件是让月做自己的男朋友。聪明的L先发制人，将弥海砂关进了基拉对策室，夜神月为了救弥海砂，也为了自保，想到了一个绝妙的办法。
同时，因为跟踪报道“基拉”事件而风头大劲的樱花电视台发生了一连出人意料的事情，主播高田清美（片濑那奈饰）追踪基拉的过程中发现了不为人知的秘密，随即第三名基拉出现了......
两个死神，两本“死亡笔记”，三个基拉，一切扑朔迷离；两个算无遗漏的天才，谁最终能够洞悉事实的真相？谁才是“死亡笔记”上最后的名字？